Судебный департамент при Верховом Суде Российский Федерации был образован в январе 1998 года в ходе судебной реформы. На него были возложены задачи по организационному и правовому обеспечению деятельности судов, финансированию, материально-техническому и кадровому обеспечению. Ранее эти функции исполняло Министерство юстиции и его структурные подразделения в субъектах.

Управление Судебного департамента в Калининградской области образовано в 1998 г. приказом Генерального директора Судебного департамента при Верховном Суде Российской Федерации и начальником регионального отдела Судебного департамента  назначен Юрий Алексеевич Кузяев.

В 1998 году в штат отдела были зачислены: Т.А. Спинул, Н.И. Хромова, Л.И. Окунева, Г.А. Глазаускене, В.И. Гуляева, Н.Е. Прокаев, М.И. Филатова. Многие из них имели опыт работы в органах юстиции Калининградской области. В декабре 1998 года отдел переименован в Управление Судебного департамента при Верховном суде Российской Федерации в Калининградской области.

В феврале 1999 года утверждено первое Положение, согласно которому департамент призван организационно обеспечивать (мероприятия кадрового, финансового, материально-технического и иного характера) деятельность судов общей юрисдикции, гарнизонных военных судов, органов судейского сообщества Калининградской области, а также финансирование мировых судей.

Приказом Генерального директора Судебного департамента при Верховном Суде Российской Федерации от 17 июня 2003 г.  начальником Управления Судебного департамента при Верховном Суде Российской Федерации по Калининградской области назначен Болдин Николай Анатольевич.

В июле 2003 года утверждено новое Положение об Управлении Судебного департамента в Калининградской области.

С мая 2019 года исполняющей обязанности начальника Управления назначена Окунева Лидия Ивановна.

С апреля 2020 года исполняющим обязанности начальника Управления назначен Бадигин Павел Михайлович.

С апреля 2024 года исполняющим обязанности начальника Управления назначен Перлин Максим Зиновьевич.

27 августа 2024 года  приказом Генерального директора Судебного департамента при Верховном Суде Российской Федерации начальником Управления Судебного департамента в Калининградской области назначен Перлин Максим Зиновьевич.

Управление не наделено контрольными полномочиями по отношению к судам и судьям, не вправе назначать, поручать проведение и проводить служебные проверки в отношении судей, также не вправе давать какую-либо оценку действиям и решениям суда и судей. Управление призвано способствовать укреплению самостоятельности судов, независимости судей и не вправе вмешиваться в осуществление правосудия, так как судебным органом не является.